Por Resolución C.G.R. Nº 1889 del 30 de noviembre del 2006, Nº 166 del 20 de febrero y Nº 431 del 24 de abril, del 2007, la Contraloría General de la República dispuso la realización de una Auditoria Financiera a la Administración Nacional de Navegación y Puertos (A.N.N.P.).