Por Resolución CGR Nº 637 del 28 de abril de 2006, la Contraloría General de la República, ha dispuesto la realización de un “Examen Especial al Consejo Nacional de Zonas Francas, referente a los contratos suscritos con los concesionarios para la explotación de zonas francas, correspondientes a los ejercicios fiscales 2004 y 2005”.